MOLECULAR DOCKING SENYAWA POTENSIAL ANTICOVID-19 SECARA IN SILICO

Analekta Tiara Perdana, Angga Aditya Permana

Abstract


Pandemi COVID-19 memacu peneliti menginvestigasi beberapa senyawa potensial yang dapat menghambat SARS-CoV-2. Tujuan dari penelitian ini adalah mengevaluasi senyawa menggunakan pendekatan molecular docking untuk menghambat domain makro SARS-CoV-2 (PDB: 7CZ4). Evaluasi dilakukan berdasarkan skor docking menggunakan AutoDock Vina. Konformasi terbaik dari kompleks reseptor ligan diindikasikan oleh afinitas tertinggi atau energi bebas Gibbs’/ΔG paling negatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa curcumin, rhamnetin, mycophenolic acid dan quercetin memiliki afinitas tertinggi. Selain itu, penelitian ini juga menunjukkan jumlah ikatan hidrogen dengan residu asam amino tertinggi sebagai indikator stabilitas secara berturut-turut: 4S0765P9W8, curcumin, rhamnetin dan mycophenolic acid. Hasil ini merupakan screening awal potensi senyawa tersebut sebagai anticovid-19 sehingga perlu dilengkapi dengan uji in vitro dan in vivo.

Full Text:

PDF

References


Abouelela, M. E., Assaf, H. K., Abdelhamid, R. A., Elkhyat, E. S., Sayed, A. M., Oszako, T., Belbahri, L., El Zowalaty, A. E., & Abdelkader, M. S. A. (2021). Identification of potential SARS-CoV-2 main protease and spike protein inhibitors from the genus aloe: An in silico study for drug development. Molecules, 26(6). https://doi.org/10.3390/molecules26061767

Azeez, S. A., Alhashim, Z. G., Al Otaibi, W. M., Alsuwat, H. S., Ibrahim, A. M., Almandil, N. B., & Francis Borgio, J. (2020). State-of-the-art tools to identify druggable protein ligand of SARS-CoV-2. Archives of Medical Science, 16(2), 497–507. https://doi.org/10.5114/aoms.2020.94046

Guedes, I. A., de Magalhães, C. S., & Dardenne, L. E. (2014). Receptor-ligand molecular docking. Biophysical Reviews, 6(1), 75–87. https://doi.org/10.1007/s12551-013-0130-2

Lin, M. H., Chang, S. C., Chiu, Y. C., Jiang, B. C., Wu, T. H., & Hsu, C. H. (2020). Structural, Biophysical, and Biochemical Elucidation of the SARS-CoV-2 Nonstructural Protein 3 Macro Domain. ACS Infectious Diseases, 6(11), 2970–2978. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.0c00441

Purwaniati, P., & Asnawi, A. (2020). Target Kerja Obat Covid-19: Review. Jurnal Farmagazine, 7(2), 30. https://doi.org/10.47653/farm.v7i2.172

Smith, T., Bushek, J., Leclaire, A., & Prosser, T. (2020). COVID-19 Drug Therapy What ’ s been updated : Highlights : Elseivier, 1–25.

Tallei, T. E., Tumilaar, S. G., Niode, N. J., Fatimawali, Kepel, B. J., Idroes, R., Effendi, Y., Sakib, S. A., & Emran, T. Bin. (2020). Potential of Plant Bioactive Compounds as SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) and Spike (S) Glycoprotein Inhibitors: A Molecular Docking Study. Scientifica, 2020. https://doi.org/10.1155/2020/6307457

WHO. (2020). COVID-19 Weekly Epidemiological Update 35. World Health Organization, December, 1–3. https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/weekly_epidemiological_update_22.pdf




DOI: http://dx.doi.org/10.31000/jika.v5i2.4516

Article Metrics

Abstract - 5295 PDF - 3982

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.

 

CURRENT INDEXING